Οι περιπτώσεις χρόνιας πυελονεφρίτιδας συνήθως έπονται επανειλημμένων επεισοδίων οξείας φλεγμονής και κατά κανόνα συνυπάρχει μια δομική η λειτουργική ανωμαλία του ουροποιητικού που συντηρεί τη φλεγμονή.
Μια χρόνια η υποτροπιάζουσα πυελονεφρίτιδα χρειάζεται συστηματική παρακολούθηση σε κλινικο-εργαστηριακή βάση και ενίοτε επανειλημμένη απεικόνιση του ουροποιητικού, καθότι αν δεν ανακαλυφθεί η υποκείμενη ανωμαλία (π.χ. λιθίαση του ουροποιητικού, διαταραχές της ελεύθερης ροής των ούρων μέσα στο ουροποιητικό σύστημα, λειτουργικές διαταραχές του ουροποιητικού) μπορεί να επηρεαστεί σε βάθος χρόνου η λειτουργία του ενός ή και των δύο νεφρών με μόνιμη βλάβη των νεφρικών σωληναρίων.